Ich denke, es hat damit zu tun, dass ein Sturm kein Wetterzustand ist, der andauert (Kälte/Wärme oder gutes/schlechtes Wetter z. B. sind ein Grundzustand, der vergleichsweise länger andauert), sondern ein Wetterereignis, das (relativ) kurzzeitig ist.

Leider kann ich Dir nicht mit Grammatikregeln dienen, da ich damit auf Kriegsfuß stehe. Bin mehr intuitiv.
Aber ich würde es mit den Regeln für ser/estar vergleichen:
Wenn etwas ein Zustand ist, würde ich hacer wählen, und wenn etwas eher als "Ereignis" zu sehen ist, dann würde ich haber wählen:

hay lluvia (besser: llueve), granizo, una tormenta
hace frío, calor, buen/mal tiempo