No es por motivos humanitarios que los accionistas de Villete permitan que exista el grupo “La Fraternidad.”

Es wird der Subjunktiv von der Konjunktion  "que"  bestimmt, nicht vom Verb "permitir"

Handelt es sich um einen Haupt- und einen Nebesatz („getrennt durch –" que" ) mit zwei verschiedenen Subjekten.

"Subjuntivo steht ...

nach unpersönlichen Ausdrücken, wenn sie wertend oder verneint sind,

bzw. wenn sie eine Möglichkeit ausdrücken

Dieser Fall aus der Hispanoteca paßt hier, meiner Meinung nach:

Was ich unterstrichen habe, ist eine "oración subordinada sustantiva de sujeto", die logischerweise als das Subjekt des Kopula-Satzes "No es por motivos humanitarios" fungiert.

Das Subjuntivo wird gebraucht, da die Information des "Subjekt-Satzes" als das Thema (die bereits bekannte, vorerwähnte oder durch den Kontext gegebene Information) behandelt wird.

Siehe dazu «el hecho de que / el que / que» in Hispanoteca:

Und auch «Thema und Rhema» in Wikipedia:

Dem schließe ich mich an bzw. halte dies für ein Argument, dass man im Sprachalltag (anders als in Grammatiken) durchaus auch den Indikativ verwenden würde.

The sentence could be rewritten as:

No es cierto que los accionistas de Villete permitan que exista el grupo “La Fraternidad” por motivos humanitarios 

It this rewrite, the subjunctive is needed because of the negating "no es cierto". Since the original sentence really means the same thing, that´s where the felt need for the subjunctive comes from, perhaps.

[El] que los accionistas de Villete permitan que exista el grupo “La Fraternidad”, esto sucede no por motivos humanitarios, sino por ...

Oder:

[El] que los accionistas de Villete permitan que exista el grupo “La Fraternidad” no por motivos humanitarios (sino por ...) es cierto / es la pura verdad.