So weit ich informiert bin (auch so eine Floskel, in diesem speziellen Fall hatte ich mir das mal für eine Studien- oder gar Diplomarbeit angelesen gehabt) kommt das "am Ende des Tages" bzw. im englischen dann "at the end of the day" daher, dass in der griechischen Tragödie die Handlung auf einen Tag projiziert wurde: am Morgen ist alles noch friedlich, bis die Handlung startet, die verläuft über den Tag hinweg, und am Abend hat man sich entweder geeinigt, oder der Held ist gestorben.
D.h. das Ende des Tages entspricht damit der Auflösung der Handlung (und damit verschlungenen Verwicklungen), wenn sich alle Streitigkeiten gelegt haben, und man ein Fazit ziehen kann. Hat also nicht wirklich was mit einem realen Abend zu tun, hat aber als Metapher dennoch seine Bewandtnis.
Es ist zwar heutzutage kaum noch jemandem bewusst, dass es sich dabei um eine Theatermetapher handelt (ähnlich wie beim "ab durch die Mitte" im Deutschen), aber deswegen die Fußnägel einrollen zu wollen finde ich übertrieben.