Ich würde hier fragen : ¿ Qué hay en la bolsa ?
Dafür hat Tante G.es auch jede Menge Treffer : http://www.google.es/search?um=1&hl=es&lr=lan...

... und wenn ich mich recht erinnere, haben Fragewörter immer einen Akzent ...

que, quien, cuanto, cual, cuyo nebst Pluralformen:
In Nebensätzen als pronombre de objeto relativo ohne Akzent.
Als pronombre iterrogativo, auch in indirekten Fragesätzen, mit Akzent.

Estar würdest Du vielleicht verwenden, wenn Du z. B. mehrere Gegenstände hast, von denen einige in der Tüte sind, andere aber nicht.

Um herauszufinden, welche sich in der Tüte befinden, würdest/könntest du dann fragen: ¿Qué (de todo) está en la bolsa? (Wobei man dann eher fragen würde: ¿Cuál/cuales (de los objetos) está(n) en la bolsa? Ich will hier nur auf den Unterschied hinweisen und habe deshalb keinen anderen Satz gewählt).

Vielleicht zur Unterscheidung:

¿qué hay en la bolsa? - was "gibt es" in der Tüte
Hier steht im Vordergrund die Neugier auf den Inhalt der Tüte.
¿qué/la manzana está en la bolsa? - was (davon) ist in der Tüte
Hier steht im Vordergrund die Frage nach dem Ort, an dem sich etwas befindet