Die Formen sind durcheinander, deshalb klingt es dir falsch. Also in Futur oder Presente ändern: por molestarse.

Aber korrekt ist das:
Le agradezco de antemano se moleste.(Sie/Höfliche Form)
Agradezco de antemano te molestes (Du Form)

Andreas Vorschläge klingen für mich merkwürdig. Fehlt da nicht irgendwas?

Noch ein Vorschlag: Le agradezco de antemano su molestia.

Ziehe meinen Vorschlag wieder zurück, wäre "... POR su molestia", aber das ist offenbar total unidiomatisch (unbekannt für Google).

komischer Ausdruck. Bei den "molestias" entschuldigt man sich schon (disculpe la molestia), aber sich bedanken? ... Da es im Voraus abgeht, passt in Infinitiv, nicht in Vergangenheit.

Andere Formen, je nach Kontext:

gracias por su empeño/esfuerzo

ahora sí :D

Molestia, empeño oder esfuerzo klingen aber komisch auf spanisch in diesem Kontext. Ich würde "por su atención" vorschlagen. Guck mal im Forum "Vielen Dank im Voraus".

Weitere Möglichkeiten für Schlussformeln - je nach Bedarf:

Agradeciéndole de antemano la atención prestada/ su colaboración/ su pronta intervención/ ..., le saluda atentamente