Wenn du es warst, auf den er/sie warten musste, kannst du auch sagen:

Mi dispiace di averti fatto aspettare (Es tut mir leid, dass ich dich habe warten lassen)

Kleine Modifikation: "Mi dispiace che tu abbia dovuto aspettare".

Die andere Form ist zwar grammatisch auch korrekt, aber da alle drei Personen Singular für "abbia" gleich sind, sollte man das Personalpronomen einfügen, damit klar ist, um wen es geht.