Über was/ worüber denkst Du gerade nach?
-> ¿En qué estás meditando/ reflexionando?
(pensando würde auch gehen, aber der Aspekt des Nachdenkens wird besser mit anderen Verben ausgedrückt)

An was/Woran denkst Du (gerade)?
-> ¿En qué estás pensando?
-> ¿En qué piensas?

Über was/ Worüber beschwerst du dich?
-> ¿De qué te quejas?

Nach was/ Wonach suchst du?
-> ¿Qué buscas?
-> ¿Qué estás buscando?

Es gibt keine 1:1-Übersetzung der deutschen Worte zum Auswendiglernen und standardmäßig Verwenden. Das sind feste Redewendungen, die man einfach kennen muss.

Es handelt sich um Präpositionen, die mit einem Verb zusammen gehen, um eine bestimmte Bedeutung auszudrücken.
Das "was" ist das Fragewort nach "etwas" (so wie das "¿qué?" nach dem "algo" fragt)

nachdenken über/über etwas nachdenken > meditar, reflexionar en algo (deutsche Wendung mit "über", spanische Wendung mit "en")
sich beschweren über/sich über etwas beschweren > quejarse de algo
denken an/an etwas denken > pensar en algo
nach etwas suchen > buscar algo (spanische Wendung ohne Präposition

Man muss es tatsächlich auswendig lernen, aber die Wiki gibt doch auch Hinweise zur Bedeutung.
So ist bei "nachdenken über" oder "denken an" noch die örtliche Bestimmung mit der Angabe des Zielortes oder der Zielrichtung spürbar. Aber viele Präpositionen haben mehrere Funktionen.

#1: Über was/ worüber denkst Du gerade nach?
-> ¿En qué estás meditando/ reflexionando?

#2: nachdenken über/über etwas nachdenken > meditar, reflexionar en algo (deutsche Wendung mit "über", spanische Wendung mit "en")
.

Also, ich würde mit "meditar / reflexionar" eher die Präposition "sobre" verwenden, wie im Deutschen auch:

"Meditar / reflexionar sobre algo" (über etwas nachdenken/grübeln), pero "pensar en algo" (an etwas denken).

"Meditar/reflexionar en algo" für "über etwas nachdenken" tönt mir eher weniger gebräuchlich (ich mag mich irren) ...

Ich würde auch - wie o...... - meditar/reflexionar sobre ...
sagen und pensar en.

María Moliner:

meditar (del lat. "meditari") tr. e intr. *Pensar sobre una cosa para estudiarla, resolverla o percatarse bien de su valor o significado, concentrándose en ella y abstrayéndose de lo demás: "Estaba meditando sobre la inestabilidad de las cosas humanas". Se emplea mucho con el significado de pensar sobre cosas de religión.

En el lenguaje coloquial yo diría, "En que estás pensando", en caso de que no se trate de un tema religioso, filosófico, abstracto, etc, etc.

¡A dsifrutar del buen tiempo en estos días de fiesta!

De acuerdo con Clamín, se diría "en qué estás pensando". Meditar sería más bien algo como "grübeln"...

Falta al teclear, correcto como lo ha escrito o....

¿En qué estás pensando?

@o.............. in #3: Da hast Du mich auf was gebracht. Hier sagen sie zwar immer "meditar en", aber das kann durchaus durch den langen Aufenthalt fern und mangelnde Vorbildung in der Heimat bedingt sein.
Jedenfalls habe ich nichts gefunden, das "meditar en" bestätigen würde, aber sehr wohl "meditar sobre".
Danke Euch allen!